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项目文章|Hortic Res: 安徽中医药大学合作发表何首乌高质量染色体级别基因组图谱

2023-11-15

编者荐语:

该研究中的流式基因组大小预估检测由金迪智远生物科技使用德国Sysmex Partec制造的CyFlow Cube6流式细胞仪,搭配特有的CyStain PI Absolute P 基因组大小分析试剂盒(订货号:05-5022)完成。


以下文章来源于"园艺研究"公众号 ,作者赵玉姣


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何首乌为临床常用的补益类药材,距今约有一千多年的药用历史,其来源于蓼科多年生植物何首乌Fallopia multiflora (Thunb.) Harald.的干燥块根。何首乌中含有丰富的化学成分,其中二苯乙烯苷为其核心功效成分,也是中国药典规定的指标性成分。现代药理学研究证实,二苯乙烯类化合物具有广泛的抗氧化、抗炎、抗衰老、抗肿瘤、神经保护、保肝、防止老年痴呆、降低胆固醇等药理学活性。然而,高质量的何首乌基因组图谱的缺乏制约了其物质基础的形成机制研究。


2023年3月,Horticulture Research上线了(Advance Access)安徽中医药大学和中国中医科学院中药资源中心等单位题为The first chromosome-level Fallopia multiflora genome assembly provides insights into stilbene biosynthesis 的研究论文。


发表期刊:
Horticulture Research
影响因子:7.291
发表时间:2023.3


该研究中的流式基因组大小预估检测由金迪智远生物科技使用德国Sysmex Partec制造的CyFlow Cube6流式细胞仪,搭配特有的CyStain PI Absolute P 基因组大小分析试剂盒(订货号:05-5022)完成。所用检测仪器及试剂盒、过滤网等耗材都在售,联系方式请见文末。



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图 何首乌原植物图与基因组特征


该研究以野生二倍体何首乌Fallopia multiflora (Thunb.) Harald.(2n=2x=22)为材料,采用Illumina、Pacbio、10×Genomics和Hi-C技术,将约1.44 Gb的基因组序列挂载到了11条染色体上,获得了高质量的染色体级别基因组组装和功能注释,其Contig N50为1.97 Mb。重复序列占基因组的比例为70.65%,注释得到了35926个蛋白质编码基因。进一步开展了进化分析和比较基因组分析,发现何首乌与苦荞共享一个全基因组重复事件,然后在分离后经历了不同的转座子进化。结合基因组学、转录组学和代谢组学数据绘制基因-代谢物共表达网络,获得二苯乙烯类生物合成的多种候选基因。鉴定了2个新的FmRS基因,可以催化一个分子的对-香豆酰-CoA和三个分子的丙二酰-CoA生成白藜芦醇。本研究不仅为揭示二苯乙烯苷生物合成途径奠定基础,而且为今后研究何首乌提供丰富的基因资源。


安徽中医药大学药学院青年教师赵玉姣、硕士生杨正阳、博士生尹旻臻和诺禾致源张钟仁为该论文的共同第一作者,中国中医科学院中药资源中心黄璐琦研究员、袁媛研究员和安徽中医药大学彭华胜教授为论文的共同通讯作者。相关工作得到了国家自然科学基金(NO.81973432)、中央本级重大增减支项目“名贵中药资源可持续利用能力建设”(NO.2060302)、国家中医药管理局创新团队与人才培养计划(ZYYCXTD-D-202005)、CAMS医学科学创新基金(2019-I2M-5-065)的资助。


文章链接:

https://doi.org/10.1093/hr/uhad047




About Horticulture Research

《园艺研究(英文)》Horticulture Research)是由南京农业大学主办的学术期刊,主要刊载园艺作物的基础和理论研究,包括遗传学、育种、组学和演化、园艺作物的起源及驯化、生物技术、生物化学、生理学和细胞与分子生物学,环境互作生物学等。科睿唯安JCR2021影响因子:7.291位于园艺一区(第1/36名),植物科学一区(第16/238名),遗传学一区(第18/175名)。2021年中科院期刊分区:位于园艺小类一区,植物科学小类一区,遗传学小类一区,农林科学大类一区(Top期刊)。入选中国科技期刊卓越行动计划领军类期刊。


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金迪智远生物科技十二年致力于倍性分析整体解决方案,包括德国Sysmex Partec倍性分析仪销售与售后,相关试剂耗材销售,倍性检测服务、基因组大小预估服务等。

以技术与专业为驱动,专注于单倍体育种、多倍体育种及杂交育种,为植物、动物育种科研机构和商业公司提供了超300台装机和25,000+次检测服务。

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本文章同步发表在金迪智远生物科技微信公众号:动植物流式那些事。原创文章,侵权必究。